El Patronato de Radio ECCA es su principal órgano de gobierno. En él están representadas todas las instituciones y personas que han conformado su comunidad educativa. Se reúne ordinariamente una vez al año. Cuenta con una Comisión ejecutiva que tiene casi todas las competencias del Patronato. Estos son sus miembros:
Presidente de honor: D. Ángel Víctor Torres Pérez, presidente del Gobierno de Canarias.
Presidente ejecutivo: D. Antonio España Sánchez, provincial de la Compañía de Jesús.
La Comisión Ejecutiva del Patronato de Radio ECCA, Fundación Canaria es el órgano de gobierno ordinario de la Fundación. Se reúne de modo trimestral y se encarga de preparar toda la documentación fundacional. La Comisión ejecutiva cuenta con una Comisión permanente. Estos son los miembros de la Comisión ejecutiva: